Voici un grand classique pour travailler le dénombrement de syllabes en moyenne section : les cartes à pinces des syllabes.

Personnellement je fais le choix de ne travailler en moyenne section que les syllabes orales et je ne passe qu'aux syllabes écrites à partir de la grande section. 

J'aime beaucoup le document d'éduscol à ce sujet.